A baixa proporção de A260/A230 é geralmente causada por impurezas com comprimento de onda máximo de absorção em 230 nm.Vamos ver o que essas impurezas incluem:
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Poluentes comuns
Comprimento de onda de absorção
efeito de proporção
Proteína
~230nm e 280nm
Redução simultânea de A260/A 280e A260/A 280índices
sal de guanidina
220-240 nm
Reduza o A260/A 280razão
Fenol
~270nm
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Trizol
~230nm e 270nm
Reduza o A260/A 280razão
EDTA
~230nm
Reduza o A260/A 280razão
Etanol
230-240 nm
Reduza o A260/A 280razão
Comprimento de onda de absorção e valor de contraste de poluentes comuns
Pcontaminação por proteínas
A poluição por proteínas pode ser considerada a poluição mais comum no processo de extração de ácidos nucleicos.A proteína existe entre a fase aquosa superior e a inferiororgânicoEstágio .A poluição reduzirá a proporção de A260/A280 e A260/A230 ao mesmo tempo, e a proporção de A260/A230 mudará mais obviamente do que a proporção de A260/A280.
durante subsequenteTranscrição reversaor reações qPCR, resíduos de proteínas podem inibir ou interferir na função enzimática.A melhor maneira de evitar a contaminação por proteínas é ter em mente o princípio de “antes menos do que mais, uma pequena quantidade muitas vezes” ao aspirar o sobrenadante.
2. poluição por guanidínio
o cloridrato (GuHCl) e o tiocianato de guanidina (GTC) têm o efeito de desnaturar as proteínas, que podem destruir rapidamente as membranas celulares durante o processo de extração do ácido nucléico, causando desnaturação e precipitação das proteínas.O comprimento de onda de absorção de GuHCl e GTC está entre 220-240 nm, e osal de guanidínio residual reduzirá a proporção de A260/A230.Embora o sal de guanidínio residual reduza a proporção,o impacto em experimentos downstream é realmente insignificante.
3. Contaminação Trizol
O principal componente do Trizol é o fenol.A principal função do fenol é lisar células e liberar proteínas e substâncias de ácido nucléico nas células.Embora o fenol possa efetivamente desnaturar as proteínas, ele não pode inibir completamente a atividade da RNase.Portanto, 8-hidroxiquinolina, isotiocianato de guanidina, β-mercaptoetanol, etc. são adicionados ao TRIzol para inibir a RNase endógena e exógena.
Ao extrair o RNA celular, o Trizol pode rapidamente lisar as células e inibir a nuclease liberada das células, e o Trizol residual reduzirá significativamente a proporção de A260/A230.
Método de processamento: Ao centrifugar, deve-se observar que o fenol no Trizol é facilmente solúvel na fase aquosa sob a condição de 4° e temperatura ambiente.
4. resíduo de etanol
O etanol é usado no processo final para precipitar o DNA enquanto dissolve os íons de sal que podem estar ligados ao DNA.O comprimento de onda de absorção do mais altopico de absorção deetanol também está em 230-240 nm, o quetambém reduzirá a proporção de A260/A230.
O método para evitar resíduos de etanol pode ser repetido duas vezes durante a eluição final, soprando nocapela de exaustãopor dois minutos para permitir que o etanol evapore completamente antes de adicionar tampão para eluição.
No entanto, deve-se saber que a proporção é apenas um índice de avaliação da qualidade do RNA.Se as operações mencionadas acima forem estritamente reguladas, o desvio entre a razão e a faixa padrão não terá um grande impacto nos experimentos a jusante.
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Horário da postagem: 10 de fevereiro de 2023